Zoonotické vírusy, pri ktorých sa človek nakazí od infikovaného zvieraťa, predstavujú pre ľudstvo neustálu hrozbu. Vedci, napríklad aj virológ Boris Klempa, sa obávajú, že niektorí z týchto vírusov dokáže prekonať medzidruhovú bariéru a stane sa nebezpečným pre človeka.
Genetické sekvenovanie vírusu SARS-CoV-2 dokázalo, že vznikol buď pomocou prirodzeného výberu v živočíšnom hostiteľovi pred zoonotickým prenosom na človeka, alebo pomocou prirodzeného výberu v ľudskom hostiteľovi po zoonotickom prenose.
Spôsoby, ako sa dá infikovať koronavírusom. Okrem tváre a rúk treba chrániť aj tieto povrchy
Porovnanie s existujúcimi vírusmi ukázalo, že je na 88 percent podobný so SARS-CoV a až na 96 percent s netopierími koronavírusmi. Do hry však vstupuje aj vírus prítomný u zástupcu šupinavcov (pangolin), nakoľko celogenómová zhoda je v tomto prípade až 99 percent.
Najpravdepodobnejšie sú však netopiere, ktoré predstavujú prírodný rezervoár koronavírusov. Ale až kým v roku 2003 nevypukla epidémia SARS, o koronavírusoch a ich prenose na človeka sa vedelo veľmi málo. Výskum od tej doby značne pokročil.
Viac o téme: Koronavírus
Hoci je pôvod vírusu SARS-CoV-2 doposiaľ neznámy, predchádzajúce epidémie koronavírusov, ako aj porovnávacie štúdie naznačujú, ktorým smerom sa uberať. Americkí vedci sa rozhodli pomôcť aspoň zrekonštruovať začiatok pandémie. Výsledky sú prekvapivé.
Ako dlho tu bol?
Vedci z University of California, zo San Diego School of Medicine, z University of Arizona a zo spoločnosti Illumina, ktorá vyvíja integrované systémy na analýzu genetických variácií a biologických funkcií, zistili aj to, ako dlho trvalo, kým sa vírus preniesol na človeka.
Vírus SARS-CoV-2 v okolí čínskeho mesta Wu-chan, v ktorom sa objavili prvé prípady ochorenia COVID-19, neobjavený cirkuloval zrejme od októbra roka 2019, teda približne dva mesiace od potvrdenia prvých pacientov.
Svoju štúdiu Američania publikovali v odbornom magazíne Science v polovici marca tohto roka s tým, že aby našli odpoveď na otázku, ako dlho SARS-CoV-2 koloval v Číne, kým nebol objavený, museli sa zamerať na tri dôležité faktory.
Ako bude vyzerať cestovanie po pandémii? Čína všetkých predbehla, predstavila prvý COVID pas program
Najprv museli zistiť, ako sa tento koronavírus šíril vo Wu-chane ešte pred lockdownom, akú má genetickú rozmanitosť v celej Číne a následne si svoje závery overiť so správami o prvých prípadoch. Zdá sa to byť jasné, ale vôbec to tak nebolo.
Časová linka
V prvom rade správy regionálnych novín naznačujú, že diagnózy ochorenia COVID-19 v Chu-pej, v ktorom leží aj Wu-chan, sa datujú minimálne k 17. novembru 2019. Znamená to, že vírus už zrejme aktívne koloval medzi ľuďmi, keď čínske úrady prijali prvé opatrenia.
Najskoršie sekvenované vzorky (prvé prípady) sa spájajú s trhoviskom Huanan Seafood, ale autori štúdie tvrdia, že je nepravdepodobné, že by sa vírus prvýkrát preniesol práve tam, nakoľko úplne prvý zdokumentovaný prípad COVID-19 nemal žiadne spojenie s trhom.
Maďarsko síce očkuje najrýchlejšie v Európskej únii, ale má aj jednu z najvyšších úmrtností na svete
Aj keď čínske úrady rýchlo uzavreli celý región a nariadili množstvo celonárodných epidemiologických opatrení, čím šírenie dostali pod kontrolu, do apríla 2020 viac ako 100 krajín sveta potvrdilo prípady výskytu ochorenia COVID-19 za hranicami najľudnatejšej krajiny.
Molekulárne hodiny
Aby vedci odhalili pozadie globálnej pandémie, použili evolučnú analýzu zvanú molekulárne hodiny. Táto metóda využíva rýchlosť mutácie biomolekúl na odvodenie času, keď sa dve alebo viac foriem života v histórii „rozchádzali“.
V tomto prípade hľadali spoločného predka všetkých variantov vírusu SARS-CoV-2. Molekulárne datovanie posledného spoločného predka sa pritom často považuje za synonymum indexu, teda prvého prípadu objavujúcej sa choroby.
Vo Francúzsku sa objavila nová mutácia Covidu-19, PCR testy ho nezachytili
Spoluautor štúdie, Michael Worobey, ekológ a evolučný biológ na Arizonskej univerzite, pre Science Daily uviedol, že „skutočný prvý prípad ohniska sa mohol vyskytnúť niekoľko dní, týždňov alebo dokonca mesiacov pred odhadovaným spoločným predkom“.
Na základe toho vedci odhadujú, že priemerný počet osôb infikovaných SARS-CoV-2 v Číne bol do 4. novembra 2019 menej ako jeden, o 13 dní neskôr to boli štyria jedinci a k 1. decembru 2019 ich bolo deväť.
Nízka pravdepodobnosť
Autori štúdie tiež použili rôzne analytické nástroje na modelovanie toho, ako sa vírus SARS-CoV-2 mohol správať počas prvých dní pandémie. Simulácie boli založené na už známej biológii vírusu, ale aj na ďalších faktoroch.
Ako sa začal šíriť koronavírus COVID-19? Určili štyri scenáre, ale únik z laboratória je nepravdepodobný
Ukázalo sa, že iba v 29,7 percenta modeláciách bol vírus schopný vytvoriť epidémiu. V ďalších 70,3 percentách vírus infikoval relatívne málo osôb pred tým, ako vyhynul. Priemerná neúspešná epidémia sa skončila iba osem dní po prvom prípade.
„Náš prístup priniesol niekoľko prekvapivých výsledkov. Videli sme, že viac ako dve tretiny epidémií, ktoré sme sa pokúsili simulovať, vyhynuli. To znamená, že ak by sme sa mohli vrátiť späť v čase a zopakovať rok 2019 stokrát, dvakrát z troch razov by COVID-19 vyprchal sám bez pandémie,“ uviedol Wertheim.
Prečo?
Autori píšu, že pôvodný kmeň SARS-CoV-2 spôsobil epidémiu, pretože bol veľmi rozptýlený, čo podporilo jeho perzistenciu. Ďalším dôvodom bolo aj to, že sa mu darilo v husto obývaných mestských oblastiach, kde bol prenos omnoho jednoduchší.
EÚ dostane ďalšie štyri milióny vakcín Pfizer/BioNTech, pomôžu udržať pod kontrolou nové mutácie
V simulovaných epidémiách zahŕňajúcich menej husté vidiecke osídlenia epidémie koronavírusu vyhynuli v 94,5 až 99,6 percentách prípadov. Vírus však v mestách viackrát zmutoval a množstvo nových variantov sa stalo ešte nákazlivejšími.
Wertheim na záver dodáva, že na takúto pandémiu nebol nikto pripravení: „Hľadali sme ďalšie SARS alebo MERS, niečo, čo zabíja ľudí vysokou rýchlosťou, ale s odstupom času vidíme, ako vysoko prenosný vírus s malou mierou úmrtnosti môže položiť svet na lopatky.“
