Pri posudzovaní vplyvov na životné prostredie napríklad často chýba posúdenie kumulatívnych vplyvov viacerých MVE na tej istej rieke, hoci to zákon vyžaduje.
Pri rozhodovaní orgánov verejnej správy, ktoré povoľujú výstavbu malých vodných elektrární (MVE), často dochádza k porušovaniu základných práv na priaznivé životné prostredie, na informácie o stave životného prostredia, ako aj práva na právnu ochranu. Vyplýva to z prieskumu, ktorý minulý rok uskutočnila Kancelária verejného ochrancu práv. Zisťovala pritom, či orgány, ktoré povoľujú umiestnenie, výstavbu a prevádzku MVE posudzujú návrhy z hľadiska ochrany prírody a krajiny a či boli pri ich konaní zabezpečené spomínané práva. Najväčšie problémy podľa ombudsmanky Jany Dubovcovej nie sú v nedostatočnej či zlej legislatíve, ale v jej aplikácii a pochopení jej zmyslu. „Problémom je aplikačná prax a konanie orgánov,“ uviedla.
V prieskume sa zamerali na 14 MVE, z ktorých päť je už dokončených a ďalšie sú v rôznych štádiách výstavby, kontrolu pritom vykonali v 15 orgánoch verejnej správy. Medzi najčastejšie zistené nedostatky patrí nesprávne právne posúdenie veci, nedodržanie zákonom stanoveného postupu, nedostatočné odôvodnenie rozhodnutia či presun zodpovednosti na ďalšie orgány. Ďalším z nedostatkov je formalizmus úradov pri rozhodovaní. Jeden z autorov prieskumu Pavol Žilinčík vysvetlil, že v mnohých prípadoch orgány síce „akoby zákon dodržali, ale jeho účel a zmysel naplnený nebol“. Pri posudzovaní vplyvov na životné prostredie často chýbalo posúdenie kumulatívnych vplyvov viacerých MVE na tej istej rieke, hoci to zákon vyžaduje, pričom ako príklad Žilinčík spomenul rieku Hron. „Často sa posudzovala MVE sama bez ohľadu na to, že pár kilometrov nad ňou je ďalšia a pod ňou ďalšia elektráreň a nám tu vzniká sústava vaničiek. Nikto nikdy nezhodnotil kumulatívne a synergické vplyvy tohto javu, že čo s tým Hronom urobí rozdelenie na takéto jazierka,“ vyhlásil a ministerstvu životného prostredia (MŽP) odkázal, že „toto sa musí zmeniť“.
Na odstránenie nedostatkov ombudsmanka odporúča MŽP zabezpečiť, aby boli odborne a verejne posúdené aj kumulatívne vplyvy viacerých MVE na jednom toku. Envirorezort by mal tiež posilniť transparentnosť prideľovania profilov, teda vhodných miest na výstavbu takýchto elektrární ako aj navrhnúť kroky k vytvoreniu hodnotenia ekosystémových služieb vodných ekosystémov. „V povoľovacích konaniach by súčasťou tohto rozhodovania mala byť aj vedomosť o tom, čo nám tá rieka prináša z pohľadu na životné prostredie, akú hodnotu v nej máme v našej spoločnosti a až na základe toho porovnávať, či ten prínos, ktorý budeme mať z výroby energie, je naozaj prínosom,“ vyhlásila Dubovcová. MŽP a ministerstvo dopravy a výstavby by mali spoločne zabezpečiť, aby orgány verejnej správy pri rozhodovaní adekvátne zohľadňovali najnovšie vedecké poznatky, aby v prípade porušenia povinností vyvodzovali priamu zodpovednosť a aby zabezpečili vzdelávanie zamestnancov, ktorí sa podieľajú na povoľovaní MVE.