Prostriedky na likvidáciu jadra od začiatku roka 2013 spravuje Ministerstvo hospodárstva (MH) SR. Rezort ich bude následne mesačne prevádzať na účet Národného jadrového fondu (NJF), ktorý v minulosti prostriedky na takzvaný zadný palivový cyklus spravoval. Touto právnou úpravou sa vyriešili výhrady Generálneho riaditeľstva pre hospodársku súťaž Európskej komisie o zlučiteľnosti. Generálnemu riaditeľstvu sa okrem iného nepozdávalo, že Slovensko vyberalo odvody na likvidáciu jadra aj z dovezenej elektriny. Podľa európskej inštitúcie mohlo ísť pri minulom spôsobe výberu odvodu o nepovolenú štátnu pomoc.
Štát môže podľa schválenej novely na povinnom odvode do jadrového fondu, ktorý slúži na likvidáciu jadra, aj zarobiť. Na konci každého roka totiž ministerstvo urobí bilanciu dovozu a vývozu elektriny spotrebovanej na Slovensku za uplynulý rok. „V prípade prevažujúceho dovozu elektriny sa zníži suma prevádzaných finančných prostriedkov vyzbieraných z odvodov od prevádzkovateľa prenosovej sústavy a prevádzkovateľov distribučných sústav z rozpočtovej kapitoly ministerstva na účet Národného jadrového fondu o alikvotnú čiastku. Táto suma zostane v štátnom rozpočte,“ vysvetlil rezort hospodárstva. Ako ešte počas parlamentnej rozpravy upozornil minister hospodárstva Tomáš Malatinský, zarobené prostriedky by mali v konečnom dôsledku smerovať na likvidáciu jadra.
Štátna kasa by si mala prilepšiť už začiatkom tohto roka. V novele zákona o jadrovom fonde totiž ministerstvo hospodárstva počíta s dočasným riešením. Podľa neho sa nový spôsob odvodu prostriedkov na likvidáciu jadra uplatní aj na rok 2012 a 2011. „Zo sumy vybratej na účet Národného jadrového fondu za roky 2011 a 2012 bude odpočítaná suma, ktorá tvorí súčin efektívnej sadzby odvodu a salda elektriny za príslušný rok. Táto suma bude do konca marca 2013 prevedená z účtu NJF do štátneho rozpočtu,“ uviedol rezort hospodárstva. Štátnemu rozpočtu by to malo priniesť finančné prostriedky, keďže v roku 2011 sa na Slovensku vyrobilo o 727 gigawatthodín menej elektriny, ako sa spotrebovalo. V roku 2012 by sa malo podľa odhadov rezortu hospodárstva na Slovensku vyprodukovať toľko elektriny, koľko sa aj spotrebuje.
Národný jadrový fond, ktorý vznikol v roku 2006, spravuje finančné prostriedky určené na vyraďovanie jadrových zariadení a nakladanie s vyhoreným jadrovým palivom a rádioaktívnymi látkami. Účelom jadrového fondu je sústreďovať a spravovať finančné prostriedky vyzbierané od prevádzkovateľov jadrových zariadení, ako aj od samotných spotrebiteľov elektrickej energie. Tí platia za likvidáciu jadra v koncových cenách elektriny. Národný jadrový fond tieto prostriedky poskytuje na riešenie tzv. historického dlhu, ktorý vznikol pri tvorbe zdrojov určených na krytie nákladov záverečnej časti jadrovej energetiky z dôvodu neakumulovania finančných zdrojov na záverečnú časť jadrovej energetiky.